Aunque no se conoce la ascendencia de la familia, podría haber estado relacionada con el músico boloñés Antonio di Marco Naldi llamado "il Bardella" (desde 1571 guardián de instrumentos musicales en la corte de los Medici, e inventor de la tiorba), con quien mantuvo correspondencia.

Además de músico, era clérigo, doctor en teología y en derecho civil y canónico. Entre sus primeras tareas podría haber sido organista en la iglesia de San Domenico en Ferrara, pero no se sabe en qué momento. Instalado en Roma, hacia 1579 entró al servicio del cardenal Innico d'Avalos de Aragón, permaneciendo ininterrumpidamente hasta la muerte de éste (1600) y ocupando durante los años diferentes puestos de trabajo, incluidos los de mayordomo, administrador, secretario, maestro di cappella. Al mismo tiempo, en algunos períodos, participó también en otras actividades musicales: sobre todo en San Luigi dei Francesi, donde fue segundo organista en enero de 1585, entre julio y diciembre de 1587, en el período 1588-89, en los primeros nueve meses de 1590 y de 1591 a marzo de 1592.

El inicio editorial de Naldi es un madrigal, "Già moriva il mio core", inserto en "Fiori musicali de diversi autori a tre voci libro primo" (Venecia, Vincenti, 1587), reimpreso tres veces hasta 1618, también en Amberes. En 1589 publicó dio a luz "Il primo libro de madrigali a cinque voci" (Venecia, Gardano, 1589): 'pequeños trabajos' -escribe en la dedicatoria a Arcangelo, Orazio, Francesco y Guido Cavalcanti-, 'los cuales de mi poco fértil ingenio, para recreación de los estudios de las letras, incluso para la profesión específica que he elegido, han sido capaces de salir'.

Disminuyendo el valor de su propia obra el autor se conformaba con un cliché típico de epístolas dedicatorias; a continuación, que después pretendió relativizar el aspecto musical con respecto al literario, más oneroso y serio, llevó a creer que practicaba la música solo por diversión; a la luz de su biografía parece, sin embargo, que aquí simplemente se recalcara un topos habitual. 11 poemas del libro son cantados, de los cuales unos 5 son tomados del "Primo volume delle rime scelte da diversi autori" (Venecia, Gabriel Giolito, 1563). Aquí se leen, por ejemplo, los dos sextetos que pone Naldi en la apertura y cierre del libro: "Quando la bella Aurora inanzi al sole" de Bartolomeo Carli Piccolomini (del cual utiliza sólo las dos primeras estrofas), y "L’aura che già di questo fragil legno" de Giovanni Battista Amalteo (integral). Entre los textos musicales (de Bernardo y Torcuato Tasso, Egidio Antonini da Viterbo, Pietro Barignano, Giovambattista Lapini), uno, de autor desconocido, tiene carácter explícitamente elogioso ("Cantin le Muse l’opre gloriose / del mio sacro Signor pio d’Aragona".

Al encargo directo del cardenal Inico d'Avalos y su preferencia manifiesta por las formas sonoras opulentas y las arquitecturas acústicas complejas se debe la génesis de la única publicación sacra de Naldi, "Mottectorum duobus choris Dominicis diebus concinendorum partis hyemalis. Liber primus" (Venecia, 1600), una selección de motetes para dos coros compuestas durante varios años para las funciones litúrgicas presididas por d'Avalos, aquí dispuestos en un ciclo para los domingos y festivos de Adviento a Pentecostés.

El volumen consta de 29 piezas para 8 voces (algunas subdivididas en varias partes), de un "Regina Caeli" a 12 voces y de un par de "Ave Reina caelorum", respectivamente para 12 y 16 voces. Dos motetes para 8 voces encontraron posterior ubicación en importantes antologías a través de los Alpes: "Cum turba plurima in Promptuarii musici ... pars prima" (Estrasburgo, 1611), "Transeunte Domino in Reliquiae sacrorum concentuum" (Nüremberg, 1615).

En la publicación de los "Mottetti" existe un poco de misterio: los ejemplares que sobreviven, aunque resultados de la misma impresión, llevan diferentes dedicatorias, una, escrita en julio de 1600, dirigida al Papa Clemente VIII, y la otra, del 1 de marzo, pasra Avalos. Evidentemente la dedicatoria original fue destinada a Avalos, excepto que la inesperada muerte del cardenal la hizo inútil (pero algunas copias ya habían sido impresas y ya estaban siendo comercializadas); Naldi tuvo, por lo tanto, que buscar otro dedicatario para hacer salir el libro. No fue el menor de los problemas personales y profesionales acarreados por la desaparición del protector. Los otros los refirió él mismo en un memorial de 1601 al gobernador de Roma, pidiéndole 'que le hable al Papa' haciendo ver las dificultades económicas que estaba enfrentando y cuánto se había preocupado de servir y atender al cardenal de Aragón en su función de mayordomo y músico. Posiblemente en esta época fue nombrado Caballero de San Pedro y portador de la cruz del papa.

Después de esta fecha no se sabe más de Naldi, que murió en 1612 en Roma, donde fue enterrado el 21 de mayo. En el fondo Cappella Sixtina (Ciudad del Vaticano, Biblioteca Apostólica Vaticana) se conserva un "Magnificat Primi Toni" a 8 voces para dos coros.